Beskid Dukielski związany jest z licznymi niewielkimi jaskiniami o genezie wietrzeniowo-osuwiskowej lub tektonicznej. Najbardziej znane skupiska jaskiń to góra Cergowa (około dziesięciu jaskiń o długości nieprzekraczającej 50 m), Kilanowska Góra koło Lipowicy (kilkadziesiąt jaskiń, w tym dwie o długości powyżej 100 m).
Wchodzenie do jaskiń szczelinowych na terenie Beskidu Dukielskiego jest niebezpieczne ze względu ich małą stabilność poprzez charakter osuwiskowy, a także działalność kamieniołomu w Lipowicy. Istnieje duże ryzyko, że jaskinie te mogą się zapaść.
Legendy mówią, że jaskiniami można dotrzeć na dukielski rynek, a nawet na zamek w Odrzykoniu.