Woda to najważniejszy związek chemiczny na naszej planecie. Bez wody nie ma życia. Woda jest niezbędna do życia lasu, a las pozwala ją magazynować, dlatego szczególnej ochronie podlegają źródliska, potoki i śródleśne zbiorniki wodne. Miejsca takie wyłącza się z użytkowania, a źródliska są objęte ustawowym zakazem wstępu. Górskie potoki, nizinne rzeki i starorzecza to miejsca bytowania płazów, ryb, bobrów, wydr i ptactwa wodnego. Niewielkie zbiorniki część wody zatrzymują w lesie oraz spowalniają i rozkładają w czasie jej odpływ. Miejsca takie stanowią również ostoje i siedliska rozrodu płazów, a dla większych zwierząt są wodopojami w czasie suszy. Prowadząc gospodarkę leśną zwłaszcza w rejonach górskich ważne jest by cięcia i odnawianie drzewostanu nie odbywało się jednorazowo na większych obszarach. Drzewa, pobierając wodę poprzez swój system korzeniowy transportują ją wzwyż do koron, stabilizując poziom wód gruntowych.