Data założenia klasztoru benedyktynów na Łysej Górze nie jest znana. Tradycja benedyktyńska utrwalona przez opata Katarzynkę w monografii Powiesi Rzeczy Istej, a powtórzona przez Długosza w Dziejach Polski, przypisuje fundacje Bolesławowi Chrobremu w 1006 roku. Natomiast opat Maciej z Pyzdr (II połowa XV w.) umieścił notatkę na marginesie Rocznika Świętokrzyskiego, że klasztor na Łysej Górze został założony w 1020 roku (M.P.H. tom El, str. 57). Fakt założenia klasztoru został ujęty w poetyckie opowiadanie o Św. Emeryku. Królewicz Emeryk, jak głosi legenda będąc w Polsce w 1006 roku u grobu Św. Wojciecha, polował w Górach Świętokrzyskich. Urzeczony, jak pisze Długosz, niezwykłością i starożytnością miejsca jak najbardziej odpowiedniego dla sług bożych oddanych kontemplacji, prosił Bolesława, by ufundował klasztor. Długosz z wielką ostrożnością wykorzystuje legendę. U kronikarzy benedyktyńskich jest ona bardzo rozbudowana. Oczywiście, legenda ta nie pokrywa się z faktem historycznym. Odwiedziny Polski przez Emeryka w 1006 r. należy odrzucić, gdyż urodził się on dopiero w 1007 roku. Królewicz węgierski mógł więc odwiedzić Polskę w późniejszym terminie. Emeryk - Imre był jedynym synem Stefana I, króla Węgier. Od najmłodszych lat brał udział w objazdach kraju, obradach z komesami i wyprawach wojennych. Ojciec w ten sposób przygotowywał go do przyszłych obowiązków monarchy. „Rocznik Świętokrzyski" opowiada: Król Stefan spłodził syna imieniem Emeryk i po dziesięciu lutach zawarł przyjaźń z Mieszkiem II, królem polskim, w następstwie której Emeryk, jakoby przymuszony przez ojca i wielmożów, pojął za żonę córkę Mieszka. Przybył tedy do Gniezna i Poznania z małżonką dziewicą i dziewicą ją aż do śmierci zostawił. Polując na jelenie z królem Mieszkiem w okolicy Kielc miał widzenie anielskie, na skutek którego osobiście udał się na Łysą Górę i klasztorowi tudzież braciom Św. Benedykta ofiarował Święty Krzyż, który nosił. (M.P.H. tom III, s. 57). „Rocznik Hildesheimski" podaje natomiast pod rokiem 1031, że Henryk-Emeryk, syn króla Stefana zginął na polowaniu śmiertelnie przez dzika raniony. Notatka ta wraz z zapiskami „Rocznika Świętokrzyskiego " może stanowić pełną relację tych niefortunnych zaręczyn zakończonych śmiercią Emeryka na polowa¬niu w Górach Świętokrzyskich. Współcześni historycy czas założenia opactwa przesuwają na początek XII wieku i twierdzą, że fundatorem był Bolesław Krzywousty. Opierają się na relacji biskupa Boguchwała, który opisując czyny Bolesława Krzywoustego zanotował w I połowie. XIII wieku: Tamże bowiem Boleslaw opactwo zakonu Sw. Benedykta na Łysej Górze pobożnie ufundował na cześć Trójcy Przenajświętszej. Dodatkowe potwierdzenie najstarszego przekazu znajdujemy w zachowanych świętokrzyskich dokumentach pergaminowych z roku 1427, gdzie wymienia się jako fundatora księcia Bolesława i rycerza Wojsława. Wojsław, krewny Sieciecha i wychowaw¬ca Krzywoustego, wymieniony też jest w zapisach późniejszych. Król Bolesław Krzywousty wzniósł jednonawowy kościół w stylu romańskim8. Z tej świątyni zachował się do naszych czasów jedynie fragment muru w północnej ścianie obecnego kościoła od strony krużganków. W wieku XVIII przy roz¬biórce romańskiej świątyni znaleziono w fundamentach brakteaty (rodzaj monety z bardzo cienkiej blaszki opatrzonej stemplem odbitym tylko z jednej strony) z napisem B ole slaus. Panował dawniej zwyczaj, że w fundamentach w miejsce dokumentu zamurowywano obiegowe monety.