Wystawa Sztuka Sakralna Nowożytnego Torunia znajduje się w sali dawnej kancelarii, zwanej również ze względu na umieszczone na suficie iluzjonistyczne malowidła – Salą pod Plafonem. Na ekspozycji prezentowane są naczynia i sprzęty liturgiczne, obiekty malarstwa, snycerki, rzeźby kamienne pochodzące z toruńskich kościołów protestanckich lub katolickich oraz o nieznanej proweniencji. To ostatnia sala w tym skrzydle - z niej należy powrócić do Sali Mieszczańskiej w pobliże schodów. Przes klatką schodową skręć w prawo.