Klęska wojsk polskich w kampanii wrześniowej 1939 r. przesądziła o kształcie ziem polskich okupowanych przez III Rzeszę. Obszar Puszczy Kampinoskiej podzielony został wówczas pomiędzy tzw. Generalne Gubernatorstwo (GG) utworzone w październiku 1939 r. i ziemie bezpośrednio wcielone do Rzeszy. W części północnej leśnego kompleksu poprowadzono linię graniczną w pobliżu wsi Łomna, Adamówek, Truskawka, przecinającą szosę Warszawa-Modlin. Graniczny kordon uniemożliwiał jednostajne życie wszystkich puszczańskich miejscowości i separował Polaków zamieszkałych po obu jego stronach. Ścisły system kontroli prowadzony przez posterunki graniczne tzw. „wachy” spowodował zanik kontaktów społecznych, kulturalnych i gospodarczych oraz wpłynął na peryferyjność tego obszaru
W okresie okupacji teren puszczy stanowił schronienie dla ludzi zagrożonych aresztowaniem, oraz uciekinierów z gett i obozów. Był też, dzięki swym naturalnym warunkom, obszarem wzmożonej działalności różnych formacji Polskiego Państwa Podziemnego. Na tym terenie utworzono VIII Rejon Młociny-Łomianki („Łęg”) VII Obwodu „Obroża” – Warszawa-Powiat
ZWZ–AK (Związek Walki Zbrojnej-Armia Krajowa), którym dowodzili kolejno: porucznik Mieczysław Niedzielski „Andrzej” (od 1940 do września 1941), a następnie do września
1944 r. kapitan Józef Krzyczkowski „Szymon”. Rejon Puszczy Kampinoskiej obejmował również sąsiedni Obwód Sochaczewski „Skowronek” ZWZ-AK.
W lutym 1943 r. Armia Krajowa w puszczy i w jej okolicach liczyła około 4 tys. żołnierzy.
W strukturach, nieporównywalnie mniejszych zgrupowań Gwardii Ludowej (GL) a następnie Armii Ludowej (AL), związanych z partią komunistyczną, Puszcza Kampinoska stanowiła część okręgu Warszawa – Lewa Podmiejska. W 1943 r. aktywny był tu oddział
im. Kazimierza Pułaskiego dowodzony przez Stanisława Gacia ps.„Kuba”.
Od początku okupacji zamknięty obszar leśny był miejscem różnorodnych działań konspiracyjnych: gromadzenia broni i amunicji (sieć magazynów), organizowania kryjówek dla uciekinierów i partyzantów, szkoleń wojskowych. W kampinoskich lasach istniały systemy łączności, kolportażu podziemnej prasy i wydawnictw; działały szkoły podchorążych i podoficerskie. Tu wreszcie organizowano w ramach ZWZ-AK spotkania i szkolenia warszawskiej konspiracji, obok oddziałów VIII Rejonu, m.in. batalionu (pułku) „Baszta”, batalionu „Parasol”, oddziałów liniowych II obwodu „Żywiciel” (Żoliborz), a także Armii Ludowej i Narodowych Sił Zbrojnych. Do Puszczy Kampinoskiej przybywali na zbiórki harcerki i harcerze z warszawskich i mazowieckich Szarych Szeregów.
Wielu mieszkańców puszczańskich miejscowości kontaktowało się i współpracowało z polską konspiracją. Spotykały ich za to krwawe represje ze strony Niemców: rozstrzelanie na miejscu, tortury i śmierć w katowni mieszczącej się w budynku żandarmerii niemieckiej w Zaborowie, pobyt w III Forcie w Pomiechówku, więzienie na Pawiaku, lub wywóz do obozu koncentracyjnego lub na roboty.